עמותת מדרשת נצרים שהחלה את דרכה בשנת 1992 בישוב נצרים שבגוש קטיף כמרכז חינוכי להגות יהודית נאלצה בצער לאחר שלוש עשרה שנים של פעילות עניפה לאתר מקום חלופי להמשך פעילותה זאת בעקבות תוכנית ההתנתקות שמומשה בשנת 2005.
בעקבות המתיישבים האידיאליסטים של נצרים שלמרות הגירוש מגוש קטיף – ראו עצמם כשליחים נאמנים לעם ישראל ולא נחו עד שאיתרו משימה לאומית – ציונית והתיישבותית שיש בה גם חזון של שיבת עם ישראל לארצו, להקים יישוב חדש תורני – חקלאי בחולות חלוצה, החליטה הנהלת המדרשה ועובדיה להמשיך את פעילות העמותה ולבנות את מתחם המדרשה מחדש בישוב שיוקם 'בני נצרים'.